兵部拆分为国防部、兵役总局。以前专掌全国马政的太仆寺合🂱并入🅰🏚国防部。
刑部拆分为公安部、司法部，☄☡部分人员与大💭🕉理寺合并，成立最高法院⛻☃。
工部拆分为建设部、重工业部、轻工业部。
以方山科学🜪🄼院为基础🍾🍯，合并钦天监，新成立💭🕉科技部。
以方山科学院医学实验室为🖇首，合并太🖛📔🚨医院，成立🞙卫生部。
詹☛事府、国子🎊🏚🚧监、翰林院三个机🙞🛏构合并，成立大明政治学院：从此之后，这里就是大明的官员继续提高的地方。
以张世泽的既有班底为基础，新成立宣传部，专掌文化宣传。全国的⛻☃报纸、剧团、说书人甚至秦楼楚馆的🕁🆨职业女性们全都划入了宣传部管辖范围。除此之外，将逐步的允许民间资本进入传媒业。
大明皇家银行继续保🍾🍯留，但存款贷款的职能💭🕉要逐步减弱。国家准备再成立三至五家🐛🀤官方银行，并逐步开放民间资本成立私人银行。
通☛政司保留原名，但其职责转变为内阁的办公厅。
都察院保留原名，但其职责已经彻底转变：风闻言事被禁止，纠察官员道德问题被置于极靠后的位🍡置。现在的都察院，获得了独立的经费，独立的调查权，其工作职能主要在于监察百官的履职和经济问题，另外还承担政府公诉职责。
锦衣卫保留原名，诏🍾🍯狱继续保留。不过作为国家情报机关，虽说他仍然保🚭留了一定独立的司法权，但这种权力，更多是针对被认为可能是间谍的相关人员的审讯。对于官员的一般审讯，只能走法院。
废除尚🗴☊♙宝丞，其掌管、制作印玺的职责，转入🜣内廷。
内阁首相、枢密🏘使、最高法院首席法官、都察院左都御史四人，是大明大臣的顶端，俱为正一品。
副相、枢密副使。次席法官和右都御史为从💭🕉一品。
新成立的各部尚书、总局局长，政治学院院长，锦衣卫指挥使，皇家银行行长等，均为正二品🌻🄏☐。
按照朱由栋的旨意，在中央政府各部门完成重整后，大明境内的各省、区，以及省下面🄑的🝙🛗州府，除外交、国防、民族事务、干部培训、国家情报等部门外，其他的🜹🖆，均要按照中央政府新部门的设置，在地方政府里设置相应的部门。