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据近年在原南少林地区发现的《南少林流派拳谱》记载，康熙十一年（公元1672年），朝廷得到密报，于是派了重兵围剿。一阵厮杀之下，洪熙官、方世玉等人终因寡不敌众，寺僧星散，南少林寺被毁。两人杀出重围后，凭借高强的武功，秘密潜回南方省，以待伺机东山再起。
1673年，在清军的大肆搜捕之下，洪熙官遁迹羊城，匿身于大佛寺潜修。同年3月，平南王尚可喜上书朝廷请求致仕；8月，康麻子谕令平西王吴三桂和靖南王耿精忠撤藩；11月，吴三桂起兵抗令，“三藩之乱”爆发。
汉奸和清狗开始互掐，这么好的机会仁人志士怎么能够错过，于是洪熙官等人趁机广纳有志之士，建立了地下武装。除了大佛寺外，还在城外西禅寺（现羊城第四中学）建立了秘密基地，由方世玉兄弟负责。
跟电影里拍的一样，方氏兄弟原是大富之家，其父方德是经营丝绸生意的大老板，方氏兄弟正好利用招“西房仔”（纺织工人）为名笼络人才。但由于革命经验不够，方世玉本身又好勇争胜，反而在招人的过程中跟当地带有黑社会性质的团伙起了争执，双方屡屡发生斗殴，最终行迹败露，被当地官员察觉，拘捕过程中，好多人当场毙命。方世玉等人逃回肇、庆。
朝廷以点破面，既然西禅寺暴盘。那大佛寺自然也保不住了，共产党员在严刑拷打之下都不乏背叛革命的，更不用说一帮草莽英豪。于是洪熙官也悲剧了，好不容易等到个千载难逢的机会，却还没来得及起事就再次无奈逃亡。
总算是经过了“万里长征”之后，双方在肇、庆又胜利会师，这回把秘密基地设立在了当地鼎湖山的庆云寺内，真是搞不明白。那年月的和尚都是以造反为己任的？
他们在庆云寺内再次招兵买马，共图大事，但那年月也没个政审什么的，肯干造反杀头勾当的大多数是些江湖亡命或者流氓无产者，说白了就是些泼皮无赖以及黑社会分子，于是毫无悬念的又被叛徒出卖，清兵包围庆云寺。杀得血流成河。
洪熙官杀出重围后，终于觉得反清复明这个事情对自己来讲可能难度实在太高，所以心灰意冷之下，从此隐姓埋名，浪迹山野，重新捡起了自己的老本行——武术家。后来。终于以少林为基，集众家所长，创出了大名鼎鼎的洪拳，共计有二龙争珠、夜虎出林、五行拳、十形拳、虎鹤双形拳等套路，一直流传至今。影响深远。
传说，洪熙官一直活到了九十三岁。后来居然在毫无防备的情况之下，被一个无名少女以凤眼拳偷袭打死，但其中的缘故终将成为不解之谜。
喜欢破案推理的可以看做是仇杀，毕竟人在江湖谁手里没有几条人命，而喜欢八卦的可以看做是情杀，其中缘故各位看官自行脑补，双虎我实在是编不出来。
而方世玉更是和秦大仙人电影里看的完全不同，其实就是个又黑又壮的傻小子，他老娘倒真的是江湖女侠苗翠花，系少林五老之一苗显的女儿，有一次在路上无意间救了正被打劫的方德，两人一见钟情，后来就有了方世玉。
苗翠花并不是方德的原配，方德中年丧妻后一直未娶，直到遇见了苗女侠才绽放了生命中的第二春，所以方世玉跟他两个同父异母的哥哥方孝玉和方美玉相差了二十多岁。
相传，方世玉从满月开始，就被苗翠花用铁醋药水洗身，再用竹板、柴枝、铁条层层包扎，以锻炼筋骨，也不知道她老娘怎么下得去这个手，换了现在铁定抓起来告她虐待儿童。但那年月也没人保护妇女儿童的合法权益，于是好好一个小娃娃被改造成了转基因战士，堪比变形金刚。
这还不算完，苗女侠迷恋于人体科学，在方世玉三岁的时候就让他头戴铁帽、脚蹬铜靴，除了睡觉，不管是走路、玩耍还是上c，统统不准脱下，俨然一个袖珍版的机械战警。
在这一连串的非人虐待之下，方世玉终于成材了，他5岁开始扎马、6岁习拳，到了11岁的时候，已经是各种武艺样样精通，其中少林拳法更是熟练无比。