英宗病重，门达蓄意勾结王纶，欲除掉李贤。
他们的阴谋被朝臣揭发，宪宗大怒，结果王纶被斩，钱溥被贬，门达因他罪并发，“论斩系狱，没其资巨万”。
而与此同时，李贤则进少保、华盖殿大学士，知经筵事。
宪宗十分倚重李贤，李贤也“以受知人主，所言无不尽”。
但李贤辅政不久，即于成化二年冬卒。
成化元年（1465年）正月，任命都督同知赵辅为征夷将军，总领所有总兵，征讨广西瑶族的叛乱。
三月，四川山都掌蛮进行暴乱。
十二月，韩雍大破广西大藤峡的瑶族叛乱者，将大藤峡改名为“断藤”。
成化二年（1466年）正月，结束团营建制。
三月，朱永在南漳大破荆、襄贼地区的乱匪头目刘通，并擒拿刘通。
他的党羽石龙逃走后转而进入四川。
七月，毛里孩进犯固原。
八月，又进犯犯宁夏，宁夏都指挥焦政战死。
十月，朱永擒拿匪首石龙等人，荆襄地区的乱匪被平定。
十二月，大学士李贤逝世，朱见深命太常寺少卿兼翰林院侍读学士刘定之进入内阁处理机务。