可见明世宗对得宠的道士多赐以高官厚爵，百官的荣辱进退也往往取决于是否虔心奉道；对于直言批评朝政得失的官员，则残酷打击。
嘉靖二十一年（1542年）十月，十几个宫女以杨金英为首，决心要害死明世宗，后失败，史称“壬寅宫变”。
事后，明世宗便搬到西苑的万寿宫，不敢住在紫禁城的寝宫里。
宫婢之变后，明世宗把转危为安归功于事玄之效，更加热衷于斋醮祈祷。
他躬服道教衣冠，“以为祈天永命之事”；后妃宫嫔“皆羽衣黄冠，诵法符咒，无间昼夜寒暑”。
嘉靖晚期，边事废弛，吞没军饷，倭患渐起。
在嘉靖年间，“南倭北虏”始终是明朝的祸患。各地也爆发多起民变。此时东南沿海工商业发展起来，而海禁依然厉行，沿海民众和王直集团与朝廷的斗争非常引人注目。
嘉靖二年（1523年）爆发了“争贡之役”，此后沿海治安多次陷入危机，明朝遂宣布中断一切贸易。
期望以围堵的政策来减轻倭寇的威胁，但也断绝许多贸易产业链相关从业人员的生计，致使贸易地下化，商业纠纷无从解决，遂转成武力报复，倭寇之乱不减反增，造成“嘉靖倭乱”。
嘉靖三年（1524年），以后爆发多起大同兵变，嘉靖十四年（1535年）爆发辽东兵变，又发生广宁兵乱。
在长城以北，蒙古鞑靼部首领俺答汗不断寇边，兵力动辄数万，甚至数十万，明王朝的腐败军队根本抵挡不住蒙古的骑兵。
嘉靖十九年（1540年）正月，吉囊袭扰大同，杀明朝指挥周岐。
六月，瓦剌部袭扰边塞。
七月，吉囊入寇万全右卫，总兵官白爵在宣平迎击，将其击败。
嘉靖二十二年（1543年）春，俺答多次入塞袭扰。
八月，俺答汗进犯延绥。