谷王朱橞与李景隆开金川门降，南京城陷，宫中火起，朱允炆不知所终。
建文四年（1402年）六月十七日，朱棣拜谒孝陵，然后在南京奉天殿即皇帝位。
七月初一日，祭告天地，宣布革除建文年号，改当年为洪武三十五年，次年为永乐元年（1403年）。
从此开始了他二十二年的统治。
朱棣即位后的首要任务是宣传自己即位的合法性和处置政治反对派。
建文四年（1402年），朱棣攻占南京后，开列“奸臣榜”，诛杀了一部分建文朝臣。
例如方孝孺十族被杀者八百七十三人，其门生卢原质、郑公智、林嘉猷皆殉难，开创株连十族的先河！
黄子澄、齐泰等被诛杀灭族，练子宁之死，弃市者一百五十一人，家族被抄没戍远方者又数百人。
朱棣对待朱标、朱允炆一系和其他藩王的态度也有所改变。
改封吴王朱允熥为广泽王，衡王朱允熞怀恩王，徐王朱允??敷惠王，随母妃吕氏居懿文太子陵园。
朱允炆追尊的兴宗孝康皇帝，仍称懿文太子。
在对众亲王的态度上，凡在建文年间被废黜幽系的诸王一律恢复了王位。
他们纷纷到京师朝见新天子，朱棣动辄给予大量赏赐。
这在表面上看来是遵从祖制以笃亲亲之谊，但实际上却寓有驾驭之意。
在胁迫宁王结盟时，朱棣曾许宁王以“事成当中分天下”，但朱棣做了皇帝却不认旧账，不要说中分天下，就是宁王乞求苏州、钱塘也不获准，终于改封南昌。
朱棣还暗中削夺诸王的实际权力及军权。