蒋介石基于以上对形势的判断和综合全体到会将领们的意见，提出了队第二期作战的指导方针和谋略：连续发动有限度之攻势与反击，以牵制消耗敌人；策应敌后之游击部队，加强敌后之控制与扰袭，化敌人后方为前方，迫敌局促于点线，阻止其全面统治与物资掠夺，粉碎其以华制华、以战养战之企图；同时，抽出部队轮流整训，强化战力。准备总反攻。
在这里，蒋介石已把游击战提高到战略高度加以重视，这恐怕或多或少取决于在前十年内战中，他的正规军同红军游击队作战吃亏受挫而总结出的经验教训。
为扶持和培养敌后游击力量的发展壮大，蒋介石在这次军事会议上决定，正面第一线战场上，要不断地主动地出击日军，将日军主力和注意力都吸引到前线来，以此减轻敌后游击部队的压力。
而就在蒋介石在南岳召开军事会议的同一时间，在东京，日本天皇也正在召开大本营军事会议。中心议题是分析中国在武汉、广州失守以后的形势，制定日军对中国作战的方针策略。
会议对形势的判断如下：帝国于1938年秋季，以获取结束战局的时机为目的，实施攻占广州及武汉的积极作战，并取得了显赫战果。但判断蒋政权依然迷梦未醒，残存于西边数省，力图恢复其战力，建设新的补给路线，且在法属印度支那寻求补给港口，继续坚持抗战以挽回颓势。然而，在已丧失中原逃往内地，以及失去主要水陆交通线、丰富资源和大半人口的情况下，我方如采取适当的施策，即使不能加深其内部崩溃，但至少也可使之沦为地方政权。因此，从战略角度可以认为帝国已经粉碎了抗日的中国政权，今后已进入实施政略进攻、取得美满结果的阶段。因此，为即将诞生的新中国中央政权创造良好条件，支援其成长，是我军为达到战争目的的重要作业。对华战争的本质属于持久战，对沦为地方政权的蒋政权，与其一味以武力深入穷追，莫如保持必要的战力，向建设新中国迈进……
日本天皇和大本营对形势的估计确实太乐观了些，在他们看来，蒋介石及其国民政fu已经降格为地方小政权。同时，他们尚有力量一直进攻下去，只是觉得一味深入穷追没意思，才停下来不追不打，而专心建设“新中国”。
而实际上，当时日本陆军在国内的兵力，仅有一个近卫师团，完全唱着空诚计。而在中国已经配置了二十四个师团，完全丧失了继续进攻的能力。日本某些战略家也不得不承认：对华作战未能歼灭队之主力即已达到攻击的极限。
此次会议后，根据天皇和大本营对形势的判断，日本陆军省起草了攻占武汉以后，中日战争的战略指导方针。其核心之点为：第一、日军从战略进攻阶段转变为长期持久战阶段；第二、日军应采取局部作战，以确保占领区。今后的主要任务是“自主指导新中国建设”，达到以华制华，以战养战之目的。
蒋介石政fu要加大对敌后游击战的支持，而日本鬼子也要集中精力，采取行动，消灭敌后抗日武装，以确保占领区，沦陷区的争夺和战斗由此将变得ji烈起来。
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