日本人的统治，带来了惯常的财政和经济困难。日本人发行纸币，引起了通货膨胀。到日本投降时，这种纸币只值票面价值的四十分之一。日本人夺取了荷兰和其他盟国国民的财产，并且，除了由军政监部管理的或移交给日本公司经营的工厂、矿山和种植园外，大量的金钱、贵重物品和其他财产都被日本敌产管理局所没收，并被移交给日本人或他们的合作者了。与此同时，东印度群岛的对外贸易遭到破坏，引起了消费品的严重缺乏，尤其是在人口稠密的爪畦，食物供应严重不足。日本人没有能力满足这些需要，同时，由于他们的船舶损失增加，他们也不能运走东印度群岛的主要出口产品。所以，他们企图用种植粮食作物来代替种植园经济。由于海上运输有困难，即使日本人鼓励修造木船也很难改善这种局面，因此日本人的目的是要使每个岛屿的粮食生产做到真正的自给自足。但是，日本人在增加粮食作物产量方面所取得的一点成就，被他们自己的占领军和许多随军的非战斗人员的需要所抵销了。
到战争结束时，就连日本人自己也显得衣衫褴褛和营养不足。当然，一般老百姓遭受的苦难就更深了。这些情况，在印度尼西业和在其他日本占领地区一样，无法再引起人们对共荣圈理想的热情。日本人组织了“劳务队”，征募大批爪哇劳动者，同样不能引起人们的热情。根据日本人的统计，被送到海外的建筑工程去干活的爪哇人不少于二十七万，这些不幸的人中只有一小部分活着回家。
在日本入侵以前，大约二十年中，东印度群岛已经有了民族主义运动。这个运动谋求把当地信仰伊斯兰教、印度教和基督教的居民团结在摆脱荷兰统治、争取政治独立的共同纲领之下。1932年至1934年间，荷属东印度群岛政府进行报复，逮捕了主要领导人苏加诺、穆罕默德?哈达和苏丹?沙里尔，把他们流放到新几内亚。
1937年，在埃米尔?沙里富丁的领导下，民族主义运动再次兴起。埃米尔?沙里富丁建议，如果发生战争，愿同荷兰合作以反抗日本，但要求建立一支印度尼西亚军队并允许印度尼西亚独立，以此作为交换条件。但是荷兰人不答应。当时还有一个印度尼西亚共产主义运动，是由陈?马六甲和塞毛恩组织的。该党的一些领导人被放逐了，共产党也遭到取缔。
在日本人征服东印度群岛时，他们释放了被关押的民族主义运动领导人，并把他们送回爪哇。苏加诺和哈达属于愿意同日本人合作，或者至少在口头上拥护大东亚理想的那种人。但是，沙里尔和埃米尔?沙里富丁不愿意帮日本人的忙。他们和他们的追随者，不是积极地反抗日本人，至少也是避而远之。
1942年3月，在爪哇的日本军事当局扶植了一个名叫“普泰拉”的组织，这是一个同菲律宾的“卡利巴皮”差不多的印尼人的组织。这个组织专门致力于消除西方影响，促进同日本的合作，宣传大东亚理想，并促使共同协力为日本军政监部的经济目标而工作。
以苏加诺为领导的这个“普泰拉”组织，不接纳华人、欧亚混血种人和其他少数民族。值得注意的是，日本海军不允许任何类似的活动在它的统治地区出现。日本海军妒忌陆军已经控制了印尼的大部分石油产地。它似乎害怕鼓励（印尼）独立运动的结果可能会把自己从现已控制的地区赶出来。
起初，苏加诺和哈达似乎相信，为了报答民族主义者的合作，日本人会愿意给他们某种程度的真正独立。但是，他们不久就大失所望了。日本军事当局很愿意利用他们来煽动人民的反西方情绪，但是强烈反对把东印度群岛统一为一个印度尼西亚国家的任何想法，同时他们禁止悬挂印度尼西亚国旗和唱印度尼西亚国歌。违反命令者就要遭到宪兵队的毒手。
实际上，1942年到1943年间，日本的政策主要是分而治之。日本人鼓励印尼人的民族主义来反对非印尼人的少数民族，而同时他们又赞助泛伊斯兰运动，企图面面俱到，八面玲珑，通过泛伊斯兰运动来破坏印度尼西亚统一的主张。他们也讨好信仰印度教和基督教的居民。虽然他们经常许诺要以政治上的让步来报答真诚的合作，但他们对于可能在他们主持下建立的印度尼西亚国的领土范围问题，却故意不表态。
当1943年来到的时候，在太平洋战场上的失利使得日本人发现，面对不利的形势已经不得不做出某些让步。在爪哇的日本司令官希望当地居民以义勇队（或护乡队）的形式，进一步与日本合作，协助镇压抵抗运动，并在盟军入侵时协助守卫岛屿。
同时，日本人开始不得不逐步地同印尼的民族主义者和宗教领袖进行一定程度的合作。日本军政府开始筹划成立由印尼政界和伊斯兰教人士组成的名为“民众力量动员中心”的政治组织，拟定由苏加诺、哈达、曼苏尔和德万托罗等担任了该组织的中央领导人。并且设立宗教事务部，专门负责宗教事务。为了争取伊斯兰教领袖的支持，1942年12月，在纪念“大东亚战争”一周年之际，军政府将爪哇各地的三十二名伊斯兰教长老和学者，召集到雅加达，举行集会，表示对他们的友好。军政府专门举办“伊斯兰教长老讲习会”，讲习会每期学习一个月左右，主要学日语、日本史和伊斯兰教义等课程。这些长老学完后，被派往农村各地，进行亲日宣传，并帮助征发劳力和征集物资。
尽管做了很多表面文章，但日本对于东印度群岛的政治前途问题，日本还未做出明确的答复。他们还认为，如果日本公开答应东印度群岛独立，日本将不再拥有行动自由，并会在任何和平谈判中处于一种困难地位。这种想法的思路是这样的：如果日本象料想的那样能够长期抵御住敌人的反攻，从而迫使对方考虑一个妥协的和平，那么它就需要留有余地来讨价还价；如果它在这以前就答应了所有的占领地区独立，那它事先就丧失了这种讨价还价的条件了。
对于日本人对印尼独立的拖延和搪塞，以及日本人的残暴和掠夺，印尼民族资产阶级的领导人物苏加诺等人感到非常失望，开始筹划依靠自己的力量来达到独立的目的。借着日本人要组建义勇队的时机，“普泰拉”的成员要求建立义勇队的申请书便及时递了上来，日本人要利用苏加诺等人，苏加诺等人也开始反过来利用日本人了。
“义勇防护大队”逐步建立起来，尽管人数还少，尽管日本人起初在提供他们武装方面非常谨慎小心，只在训练时才发给他们武器。但这支由印尼人担任军官的武装力量，却是苏加诺等人要依靠的未来共和国军队的核心力量。事情上，在印尼的独立战争中，这支由日本人配发武器并训练出来的军队的确发挥了重要的作用。
黄历不管所谓的“义勇防护大队”是糊弄日本人的，还是真为日本人服务的。他考虑到的是之后的抗战形势，如同中国战场上的伪军一样，尽管大多数的伪军不会直接在战场上与抗日武装交锋，但他们替日本人守卫城池据点，让日军得以抽调出机动兵力来进行围剿扫荡，也就等于间接为日本人效力，协助日本人打击抗日武装。
而且，黄历的最终目的便是在东印度群岛抢出一块地盘独立建国，也就是说，这支现在应该称为日奸的印尼人军队早晚要成为他的敌人。