赴欧洲考察空军回来的周至柔提出了许多建设性的意见，深得蒋介石器重，于是任令周至柔为航空署署长，再次把葛敬恩召唤回来当全军参谋次长。
葛敬恩心里非常不痛快，以参谋部有职无权，压根儿就不到南京参谋本部就职，自己在中央航校所在的杭州西湖边，置宅乐居。
蒋介石爱之深，恨之切，大为不怿，当时适南昌机场发生大火，战机损毁甚多，中统报告蒋介石，葛敬恩闻南昌失火，甚为喜悦，说‘好得我早调开，否则责任要担在我的身上’。蒋介石听到葛敬恩幸灾乐祸，大怒，调阅葛敬恩经手的购买案卷，亲自细查，见移交账目内有回扣三万元移作公积金一项，说既然要回扣，可见货色之差，遂把葛敬恩和他的属下徐培根二人同时交军法司审办，像盗犯一般地关进陆军监狱。
时侍从室主任林蔚系葛敬恩旧同事，是葛敬恩向蒋介石引荐的，于是向各将领求救。何应钦、顾祝同等皆代为缓颊，蒋介石置之不理。军法司长王震南签呈说，回扣是外国买卖的例规，经手人原可分掉；今归入公积金，不惟无罪，而且有功。蒋介石勃然大怒，把军法司长王震南叫来骂了一顿，将签呈丢在地上。
林蔚等人缩手无策，密嘱时围攻中央苏区的第三纵队指挥官兼七十九师师长樊崧甫在南昌办事的处长吕焕光说：现委员长对樊崧甫将军作战得力甚是器重，樊崧甫如肯出头为葛敬恩说话，可能有效。你致电给樊崧甫洽商。吕焕光和葛敬恩有师生关系，当即电樊崧甫恳商。
樊崧甫和葛敬恩亦是师生，认为案出无妄，情当援手。但樊崧甫又极为为难：第一是地位低，和蒋介石只有指挥系统关系，向无他事接触，随便冒犯，怕碰不起钉子；第二是何应钦、顾祝同等一批大好老都讲了话，樊崧甫去讲情，蒋介石要是不听，是不自量；要是蒋介石听了樊崧甫的话，樊崧甫定遭妒忌；最好是陈诚能出面说话，但此时陈诚为了自己的嫡系周至柔位置稳定，正向老前辈开刀，决不肯讲。
樊崧甫最后想到飞机回扣与财政部有关，去找孔祥熙说情比较好，樊崧甫遂致电孔祥熙，曰葛敬恩以飞机回扣案入狱，葛敬恩系甫老师，诸友托我设法营救，我人微言轻，且内情不详，不便进言。我想购买飞机与财政部有关，师座当知底蕴，如情节不甚严重，拟恳老师鼎力向委座一言，俯念葛等追随多年，不无微劳足录，予以自新，责报来兹。不情之请，伏祈鉴佑。旋得孔祥熙复电允可。并再来电云，在溪口蒋家，当面向委员长叨情，已承委员长允从宽处理矣。
樊崧甫到南昌开会，嘱吕焕光交涉到监狱去探问葛敬恩。陆军监狱署长是民国二年反袁时樊崧甫营书记，当然给樊崧甫方便。樊崧甫和吕焕光进了一个房间，见到葛敬恩，他与属下徐培根合住一个优待室，桌凳床铺齐全，茶壶茶杯、笔砚书籍俱备，像一个小旅馆的房间。葛敬恩见到樊崧甫，很是喜欢。没有人在旁监视，说话倒还自由，有老朋友照顾，究与他犯待遇不同。
葛敬恩向樊崧甫诉冤，说任职航空期间，感到空军关系国防重大，真是点滴归公，以贪污入狱，真出意外。樊崧甫和他俩说，这不是入狱原因，越辩越不对头，长辩下去，你们出不了狱。葛敬恩说，委员长以贪污加罪于我，我倒要辩个明白。樊崧甫问葛敬恩，老师辩胜了又如何，把老师放出去，把委员长关进来，可能吗？在人屋檐下，不得不低头。事势如此，不能逞书生意气。
葛敬恩问，究竟委员长关我为的是什么呢？樊崧甫说，我的想法，委员长关老师绝对不是为了三万元回扣，委员长慷慨大度，挥金如土，送人百万十万数万，并不斤斤计较，岂有计较三万元并且是作公积金的道理？真正的原因是老师不替他出力，他以为他培养了老师的地位并挣了家私，他自己岁数比老师大，仍在南征北战，而老师却在西湖边上享福去了，正好借个名目教训一下，其实问题不大，给老师帮忙的人，不晓得他的心理，只对贪污问题辩解，这是隔靴搔痒，越弄越僵，我看不解决问题。
葛敬恩忿然说，那个参谋本部的参谋次长根本没有事情做，完全是个冷板凳，还不如坐牢痛快。樊崧甫和他说，我们是军人，要服从命令。委员长调老师到参谋部，而老师不去，他就可以违抗命令处分老师，人情淡薄，乘机打击，一落囹圄，狱吏可畏，坐牢总不好。其实事在人为，参谋本部并不是无事可为，将来总有一天要抗日的，为什么不准备些对日作战策略，以备来朝？老师又没有反对委员长的企图，何苦冤枉坐牢？
葛敬恩心动了，问有什么办法解决冤狱？樊崧甫让葛敬恩写一封信给委员长，说历承栽培，迭迁要职，无如偶患疾病，滞留家乡。在钧座勤劳国事之秋，不能追随左右，共苦分忧，深负均座栽培，怠懈之罪，百身莫赎。恳念追随多年，不无微劳足录，请宽予自新之路，准予出狱，带罪图功，嗣后听命驱驰，踏汤赴火，万死不辞。
蒋介石看到后，甚是欣慰，批复准取保释放，随后，又情知葛敬恩不愿意第四次当参谋次长，便任命他为福建政府秘书长，葛敬恩高高兴兴地上任去了。
由此可见，参谋本部次长，亦即是现在的副总参谋长职务，并不算得是什么显赫职务，关键是要看你有没有军队和实权，有军队和实权，人家要考虑你身后的背景，这个副总参谋长就可以借势发威，若没有实力，那就和坐冷板凳差不多。西安事变后，何应钦从军政部长的位置上调任总参谋长看似平调，实际上是降级使用，不过何应钦门生故旧众多，军中素有人脉，所以寻常人看不出来有何不妥，在实际权责比起军政部差得太多了。
因此，安毅毫不犹豫地便答应了蒋介石的请求，当着蒋介石的面奋笔疾书，写下自即日起辞去全军副总参谋长职务的申请。
在密谋如何在安南举事和站稳脚跟后，安毅表示，结束浙东战事后部队即南下安南参战，中央必须得提前组建进驻上海的军队，否则恐一时间无法接手战区事务。