宇宙魔方在1945年斯蒂夫·罗杰斯坠海后没多久，就被霍华德重新打捞了上来。
从那以后，宇宙魔方就一直被神盾局所收藏。
除了霍华德会偶尔对其进行研究之外，其他人基本接触不到——而方舟反应堆，以及新元素的发现，就是基于宇宙魔方研究出来的。
这也是为什么李维一直认为，方舟反应堆是霍华德的研究成果可能性更大一些。
毕竟以安东·万科的身份，基本是没可能接触到宇宙魔方的。
一直到了1973年，随着化名温迪·劳森的克里人迈威尔的到来，飞马计划正式开始，霍华德才开始和迈威尔开始共同研究宇宙魔方，以期开发出光速引擎。
但是到了1989年，因为迈威尔背叛克里帝国的行为被发现，被克里帝国勇·罗格带领的特战队暗杀。
毁掉了引擎原型机，吸收了海量空间能量的卡罗尔·丹弗斯被勇·罗格带走。
宇宙魔方就被神盾局列为“失踪”了。
一直到1995年，卡罗尔·丹弗斯因为意外回到地球，遇到了尼克·弗瑞。
两人抽丝剥茧，帮卡罗尔·丹弗斯找回了记忆的同时，也发现了迈威尔停留在太空轨道附近隐身的科研飞船，以及被藏在飞船里的斯克鲁人女性和孩童，还有宇宙魔方。
事件之后，卡罗尔·丹弗斯将宇宙魔方交给尼克·弗瑞保管。
但当时还不是神盾局局长的尼克·弗瑞，并没有将宇宙魔方上交。
而是将其藏了起来。
所以在神盾局的记录中，宇宙魔方依然一直处于“失踪”状态。
哪怕是尼克·弗瑞成为局长之后，也未曾改变。