就在朱常洛惦记着利玛窦的时候，利玛窦现在已经开始慢悠悠的朝着大明的另一个首都南京进发了。
而利玛窦之所以要来南京，并不是他在肇庆泉州等地呆腻了，而是因为他想在当时传教建建教堂得不到本地人的认可，时常会受到当地士绅的反对，他在广东的家，还多次被汉人破坏，甚至就他自己本人在家里也会遭受攻击。
这些不愉快的经历，也导致了利玛窦导致终生跛足。最后，迫不得已，利玛窦只好不停搬家，借以躲避当地人的袭击。
现在他之所以要来南京，也是因为他找到了一个绝佳的理由。
有一位南京的官员生病了，于是，利玛窦就给当地的官员自荐，去南京帮生病的官员看病，由此，利玛窦才踏上了去南京的道路。
到了南京以后，利玛窦就在这里结识到了他的人生知己徐光启，不过这都是后话了。
因为，刚刚到南京的利玛窦也并没有因为换了一个地方就换了一个人生。他到了南京之后，还是像在两广的时候那样不受待见。
闭关锁国了几百年的大明人从未见过金发碧眼的欧洲人，所以很多人对他就感到了一丝不安的害怕。
同时，这些老百姓们也觉得利玛窦的信仰像在离经叛道，故弄玄虚，所以也不愿意让他留在南京。
无奈之下，利玛窦只好退而求其次，先跑到江西的南昌落脚，最后在南昌取得了“大明绿卡”，也就是居住权。
在南京的失败遭遇，让利玛窦痛定思痛，他也开始反思自己的传教方式。
利玛窦认为传教必须选择适应大明人的新的方式。
于是，利玛窦决定“曲线救国”入乡随俗！
其一，利玛窦脱掉了自己的神父长袍，换上了大明读书人穿的儒服来吸引大众融入群体，其二，利玛窦开始利用自己不凡的记忆力结交达官贵人。
事实证明，利玛窦这次的法子是用对了。穿着儒衫的他，说着之乎者也的词，很快的就得到了士大夫阶级的接纳。
当然，这个过程也是漫长的，在南昌的期间，利玛窦有感于自己的身份不易被大明人接受。所以他痛定思痛，坚持的穿上了儒衫。