漩涡鸣人虽然理解木叶村忌惮晓组织的存在，几乎将她禁足，但是理解归理解，不代表她本人乐意接受。
还好自来也提出折衷的方案：“如果你的实力能够独当一面，足够在晓组织面前全身而退，放任你在外执行任务也不要紧。等你什么时候学会仙术再吧。”
于是她继续前世未完成的仙术修行，并很快毕业回到木叶村。
回村休息放松了两三，正准备接取新的任务，但是不知为什么，本该日后才发生的监狱暴动事件，被水木提前引发了。
从监狱里逃跑的犯人，比前世多了很多音忍俘虏。而负责抓捕犯人的忍者，却比前世更少。这是因为大蛇丸的秽土转生军团，令木叶村元气大伤，造成的忍者损失比前世的木叶崩溃计划更惨重。所以留守在木叶村的忍者严重不足，捉襟见肘。偏偏与此同时，日向宁次居然叛逃了。
剧情里的佐助追击战，虽然抽调不出战力，但好歹拼凑出几个木叶强。
可这次，连木叶强都去帮助抓捕越狱的罪犯了。
于是漩涡鸣人自告奋勇，负责将宁次带回木叶村。她也暗下决心，这次不会犯前世的错误。即使日向宁次抗拒，她也有把握将他强行带回木叶村。
纲手看她跃跃欲试的样子，再加上自来也提前打包票漩涡鸣人确实学会仙术，就将追回日向宁次的任务交给漩涡鸣人了。
漩涡鸣人留下两个影分身制造仙术查克拉后，下意识的按照前世路线追击。
她的第一个对手是还次郎坊。她被次郎坊用土遁·结界·土牢堂无困住后，知道攻击土墙也会马上恢复，还会被土牢吸收查克拉。
她也没有慌张，本想着直接进入仙人模式，然后强行突破。
却没想到次郎坊吸收了仙术查克拉后无法控制，身体变成石蛙。
“我还没动手呢，你就死了。”
漩涡鸣人修炼仙术时，尽管森作仙人再三强调危险性，却因为森作仙人一旁护法最多局部蛙化，没有什么实感。首次见识仙术的危险还是敌人给她上了一课。
第二个对手鬼童丸令她心情复杂。