按照司令部以往的行动规章。
司令部占领的提督府，首先会对于完全依附于提督而存在的封建权贵阶层连根拔起，全部资产收归司令部所有。
安排改造完成的本地中系自由舰娘，去管理这些充公的社会资产。
皇都的皇族，就是这一部分，同样被直接清理掉了。
然后是提督下属的指挥官群体，她们本来是提督府的各层管理人员，会按根据配合程度、权利阶层区别处理。
在舆论宣传下醒悟，主动过来投靠的，职务予以留用，财产予以保护。
在开战之前投降的，绝大多读都是中系、中低层指挥官，新政府暂时留用，原地降级为副手，对应正职由自由舰娘担任。
这些指挥官的财产本来就不多，同样予以承认和保护。
极个别的，提前投降的高层，会进行一次财产审查，合理合法取得的，会予以保护，利用权力非法所得，则收归司令部所有。
开战之后投降的指挥官，职务取消，登记为司令部的普通指挥官，财产仅保留可以维持其基本生活的部分。
这里面的中系指挥官，同样大多数都是中低层，本来财富就不多，所以基本都能够全部保留，生活也不会受到影响。
而直接抗拒不从的，直接俘虏监禁，资产全部充公。
这样，初步改造完成的新政府，自由舰娘占了绝大部分，中高层决策者，更是几乎全部是自由舰娘。
极少数能够参与决策的人类指挥官，也几乎全部都是中系。
在皇都，开始处理指挥官的时候，相关的负责人，也下意识的继续套用原来的方案，结果发现了一些不大不小的问题。
与其他提督府不同的是，皇都的指挥官群体中，无论高中低层，大部分都是中系，中系舰娘和指挥官，本来应该是团结对象。