八月，皇太极率清兵围攻攻大凌河，守将祖大寿被围于城内。登莱巡抚孙元化奉命派兵赴援，领兵大将孔有德临阵叛逃，攻回登莱，登州一度失守。
崇祯五年。
正月，孔有德攻陷登州，抓获寻死未成的巡抚孙元化等人，最终放归京城。孙元化回京被捕，定为罪首，百口莫辩。
六月，黄河决口，军民商户死伤无数，百姓无路可走，聚而造反。
七月，登莱巡抚孙元化失守定罪，被斩于菜市口，恩师徐光启救而不得，自此郁郁寡欢，病魔缠身。
九月，农民军高迎祥、罗汝才、张献忠、李自成分四面进击，连克十余州府县城，沿途杀人无算，朝野再次震惊。
崇祯六年。
二月，起义军攻入河北，连陷赵州、西山、顺德、真定等地，距离京城之近，令百官胆寒。
六月，明军郑芝龙与荷兰舰船在闽南金门岛发生大规模海战，战斗持续三月，以郑芝龙获胜告终。
十月，郁郁寡欢的徐光启逝世，赠少保，谥文定，自此天寿山聚义众人，全军覆没。
十二月，高迎详、李自成带兵攻入四川，四散开花，燎原之势越演越烈。
崇祯七年。
五月，皇太极统一漠南，西征察哈尔，绕过山海关直逼关内，三渡来势汹汹。
十月，起义军攻入湖广，再入河南，黄河以南一片糜烂之势。
崇祯八年。
正月，起义军高迎详、李自成、张献忠等合兵一处，以迅雷不及掩耳之势攻入中都凤阳，烧毁皇陵楼殿，焚龙兴寺，杀官员宦臣无算，朱由检惊闻祖坟被刨，伏地大哭。