“土木之变”后，英宗兵败被俘，他力排南迁之议，坚请固守，升任兵部尚书。
明代宗即位，于谦整饬兵备，部署要害，亲自督战，率师二十二万，列阵北平九门外，抵御瓦剌大军。
瓦剌太师也先挟英宗逼和，他以“社稷为重，君为轻”，不许。
也先见无机可乘，被迫释放英宗。
朝廷因功加封于谦为“少保”，总督军务，世称“于少保”。
与瓦剌和议后，于谦仍积极备战，挑选京军精锐分十团营操练，又遣兵出关屯守，边境得以安宁。
当时朝务繁杂，于谦独运征调，合乎机宜。
其号令明审，令行政达。
他忧国忘身，口不言功，平素俭约，居所仅能遮蔽风雨，但因个性刚直，招致众人忌恨。
天顺元年（1457年），英宗复辟，大将石亨等诬陷于谦谋立襄王之子，致使其含冤遇害。
明宪宗时，于谦复官赐祭。
弘治二年（1489年），追谥“肃愍”。
明神宗时，改谥“忠肃”。
有《于忠肃集》传世。
《明史》称赞其“忠心义烈，与日月争光”。
于谦与岳飞、张煌言并称“西湖三杰”。