他即位后，还把前朝的纸糊三阁老、泥塑六尚书及奸佞小人如侍郎李孜省、太监梁芳、万贵妃的弟弟万喜等人一一做了处理。
内阁首辅万安被罢官，梁芳被下狱，李孜省被流放，同时，朱佑樘罢免右通政任杰侍郎蒯钢等一千余人。
此举有利于去除冗员，提高朝廷的办事效率。
朱佑樘曾将四品以上官员名单贴在宫内文华殿壁墙上，平时熟记，做到心中有数，意在掌握官员动态，不受蒙蔽。
他每天上朝听政，除早朝外，还恢复早已废弃的晚朝制度；常批阅奏章到很晚，从来不允许太监代批奏章。
有一天，仁寿宫起火，人慌马乱的救火，忙了一夜，朱佑樘没合一会眼，因此他没去上朝，就特地派人到朝堂向众大臣说明原因，向众臣请假。
由于朱佑樘锐意求治，朝廷上下，文武百官纷纷上言，或痛陈时弊，或广进方略。
马文升上时政十五事，包括选贤能、禁贪污、正刑狱、广储积、恤士人、节费用、抚四裔、整武备等诸多方面，朱佑樘无不大为赞赏，一一付诸实施，这对弘治朝兴利除弊起了积极的作用。
朱佑樘待臣下很宽厚，能推心置腹，从未鞭打过大臣，因此，君臣之间亲密无间，形同家人。
朱佑樘对臣下宽厚平和，京官夜返家中时，必派仆军执灯传送。
作为一个封建皇帝，能如此屈体臣下，确属相当不易。
这样，一大批以廉洁、勤奋、有事业心、以国为家的贤臣得以有机会施展才干，出现了历史上少有的良臣大集合。
朱佑樘还广开言路，虚心纳谏。每天的早晚朝之外，还每天两次在平台召见有关大臣议事，称为“平台召见”的朝参新方式。
经过朱佑樘的努力，弘治朝吏治清明，任贤使能，抑制官宦，勤于务政，倡导节约，与民休息，是明朝历史上经济繁荣、人民安居乐业的和平时期。被史家称为“弘治中兴”。
由于朱佑樘多难的童年，使得他的身体一直不好。
因此，朱佑樘希望通过佛道之术能改变自己的身体状况。