朱翊钧深知唇亡齿寒之理，遂决定派兵赴朝，援朝抗倭。此战争断续绵延，历经七年有余。
最终，因丰臣秀吉去世，日本将侵朝日军撤出朝鲜，明军获胜而归。
万历十七年（1589年），播州宣慰司使杨应龙发动叛乱，朱翊钧遣兵平叛。
这场战争断断续续，直至万历二十八年（1600年），最终以明军八路进兵，四月大捷，平定杨应龙之乱告终。
万历四十六年（1618年）四月十三日，建州女真首领努尔哈赤发布“七大恨”，举兵反明，建立后金政权。
女真攻克抚顺，震惊朝野。
万历四十七年（1619年），辽东经略杨镐四路进攻努尔哈赤，于萨尔浒之战大败，四万余人战死，开原、铁岭沦陷，京城燕京震动。
朱翊钧任用熊廷弼镇守辽东，屯兵筑城，方才稍微稳定了东北局势。
清丈田亩，又称“清丈田粮”，旨在纠治田制混乱之弊。
此乃继朱元璋之后的又一次全国性土地清丈。
朱元璋时期的那次大清丈，与“赋役黄册”相配套，编造了“鱼鳞图册”，为明代田赋征收奠定了基本框架。
然而，至明中叶以后，“鱼鳞图册”已面目全非，赋役征派日益不均，国家赋税收入日减，“私室日富，公室日贫，国匮民穷”，田亩清丈势在必行。
与明代其他重要经济改革相同，此次清丈亦首先自东南沿海地区发起。
万历六年（1578年）十一月，朱翊钧下令在福建试点。
其核心问题在于改变有田者不纳税粮、无田者苦于赔纳的怪象，使田亩与税粮挂钩。
由于朱翊钧态度坚决，张居正指导有方，坚决排除阻力，试点工作进展顺利。