大学士张居正奉旨安排，每旬逢三、六、九日早朝，余日免朝，以便年轻的皇帝有更多时间研读圣贤经典。
此规定已执行近十五年，而后，奉旨免朝的日子愈发增多。
与此同时，其他礼仪，如各类祭扫，皇帝也常不能躬亲，而遣官代祭。
事实上，神宗的早朝，即便依规举行，也较前代简省许多。
先是早朝地点鲜少在正殿，且通常情况下，早朝官员都集结于宣治门，而非经午门，所有骏马驯象的仪仗也尽皆减免。
其次，御前陈奏也渐成形式，因所有陈奏内容均已书面上呈，仅有需全体官员知悉之事，才会在早朝时宣诵。
自万历九年（1581年）至万历十年（1582年），张居正未曾请假，始终坚持办公。
次年二月，张居正旧疾复发，虽经名医诊治，然其自知“精力已竭”，“不过行尸走肉罢了”！万历十年（1582年）六月二十日，张居正病逝。
朱翊钧为之辍朝一日，赐予张居正无上殊荣：谥文忠，赠上柱国衔，荫一子为尚宝司丞，赏丧银五百两。
然而，两年之后的万历十二年（1584年）八月，朱翊钧在都察院参劾张居正的奏疏中批示道：“张居正诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，管制言官，蒙蔽我聪明。专权乱政，欺骗主上忘恩负义，谋划国家不忠。本会断棺戮尸，念效劳有年，姑且免去全部法追论。”
此时张居正一家已经被抄家，张府的人口中，一些老弱妇孺因来不及退出而被困于张府，饿死十余口。
张居正八十岁的老母亲，还是在首辅大学士申时行的请求下，才得以留下一所空宅和十顷田地。
估计张居正恐怕万万想不到，他在死后竟然会遭到自己一手扶持的神宗如此无情的惩处。
朱翊钧这种一百八十度的态度大转变，既是他长久处于张居正约束下的发泄，同样也是他树立自己权威的开始，推倒张居正，他的皇帝权威才能树立起来。
从万历二十年（1592年）至二十七年（1599年），朝鲜遭受日本侵略，王京沦陷，八道已失七道，仅剩靠近明朝边境的义州一带尚存。
朝鲜告急，恳请明朝出兵援助，“求援使者，于道上络绎不绝”。