群臣皆呼万岁，其后又在文华殿命陈循与徐有贞起草宣谕。
在午门向百官宣谕完毕后，于谦、王文就从班次中被抓起来，与朱祁钰亲信的司礼监太监王诚等都被投入锦衣卫狱中。
于谦、王文被诬陷谋立襄王世子。
朱祁镇认为“于谦实有功”，犹豫不决，徐有贞提醒“不杀于谦，此举（复辟）为无名”。
朱祁镇遂决定处死于谦等人。
正月二十一日，朱祁镇正式昭告天下，改当年为天顺元年，在诏书中指责朱祁钰“攘位”以及幽禁自己等种种失德。
二月初一日，以孙太后名义废朱祁钰为郕王，迁居西内。
十八天后，朱祁钰死去，朱祁镇以亲王礼安葬，辍朝二日，赐谥号为戾。
朱祁镇复辟后，除了杀于谦、王文及朱祁钰的亲信太监外，还继续清算之前在奉迎、易储等问题上得罪过他的人，为王振平反，同时重用拥戴他复辟的徐有贞、石亨、曹吉祥等人。
不久后，这些夺门功臣就互相倾轧。
先是徐有贞裁抑曹吉祥、石亨等的贪横，曹吉祥让小宦官偷听朱祁镇和徐有贞的秘密谈话，接着自己又在朱祁镇面前提到这些话，并称是从徐有贞那里听来的，从而动摇朱祁镇对徐有贞的信任。
其后御史利用天象示警来弹劾奸佞曹吉祥、石亨，两人向朱祁镇哭诉，称弹劾他们的御史张鹏系朱祁钰亲信太监张永之侄，暗示此为朱祁钰余党反攻倒算，朱祁镇便决定惩治这些言官，进而牵涉到其幕后主使是徐有贞及另一阁臣李贤，两人便被排挤出朝，时为天顺元年（1457年）六月。
不过，朱祁镇并非不知曹、石的跋扈，又在不久后重新起用李贤，抑制曹、石，于天顺二年（1458年）正月贬斥石亨的党羽兵部尚书陈汝言。
天顺三年（1459年）八月又在锦衣卫指挥使门达和指挥佥事逯杲的协助下惩处了石亨之侄石彪，年底惩处石亨。
天顺四年（1460年）二月，石亨死于狱中，石彪伏诛。
在处置石氏叔侄期间，朱祁镇下令禁用“夺门”字样，曹吉祥感到兔死狐悲，便与其养子曹钦密谋反叛，于天顺五年（1461年）七月初二日发难，被孙镗镇压，曹钦全族死于乱中，曹吉祥亦被凌迟处死。