但到了十一月初一日，朱祁镇正式下令去掉北京诸衙门的行在二字，南京诸衙门一律加上南京二字，正式确立了北京为京师、南京为陪都的地位。
天顺二年（1458年），朱祁镇规定每年霜降后，三法司同众官会审重囚，由此确立了朝审制度。
天顺年间，朱祁镇在皇室内部做了一些被称为“善政”的事。
天顺元年（1457年）十月二十六日，他下令释放了被拘禁五十余年的“建庶人”朱文圭（建文帝幼子），让他居住在凤阳，每月提供廪饩。
在生母孙太后死后，他恢复了被无故废黜的父亲原配胡善祥的皇后位号。
临终前又废除嫔妃殉葬的祖制，这些举动被后世评为“盛德之事，可法后世”。
朱祁镇在位时，因失去土地而流离失所的流民成为明朝一大社会痼疾。
朱祁镇登极诏就要求流民复业，蠲免亏欠税粮，免其差徭二年，已啸聚山林者赦免其罪，同时禁止隐占人口田地。
这表明明廷对流民采取了缓和的政策。
正统六年（1441年），朱祁镇大赦天下，其中对流民则作了更大的让步。
除赦免并免拖欠钱粮外，更延长免除杂泛差役期为三年，同时规定“私借债负”亦可在复业三年之后“酬还原本，不许加利”，对“离乡年久，产业已成”不愿回乡的流民，允许在所在地报官附籍，而且有权分得当地的撂荒田地。
天顺年间，他对流民依然以“抚”为主，并没有像成化年间那样采取强硬的驱逐、押解、勒令返籍的对策，因此社会矛盾不致激化。
朱祁镇在位时，逐渐确立了明代军事体制中“以文制武”的原则，出征、边防等军务的主导权均逐渐从武臣转移到文臣。
正统二年（1437年）正月，鉴于鞑靼阿台汗屡次骚扰甘肃，朱祁镇派文臣王骥处理甘肃边务，抵御鞑靼。
有人认为此事应由总兵官（武臣）负责，朱祁镇不听。
正统五年（1440年）十一月，议出兵麓川，张辅等建议仍沿用武臣挂帅、文臣参赞的祖制，但朱祁镇最后还是以王骥总督军务。