总之，自正统以后，明朝的权力结构出现重要变化，经过永乐到宣德年间酝酿的宦官政治正式形成，尤其是司礼监稳定地保持了对朝政的影响力，从而为某些特殊时刻“专权”宦官的出现提供了温床。
朱祁镇第二次在位期间（天顺年间），起初依靠徐有贞、石亨、曹吉祥等夺门功臣，不过徐有贞很快受到排挤，接着又是石亨失势，曹吉祥孤注一掷，发动政变，结果朱祁镇镇压。
朱祁镇又重用李贤为首的阁臣，并正式确立了内阁首辅之职，从此内阁政治出现不断发展的势头，由此奠定了宦权与阁权之间彼此制约的格局。
朱祁镇复辟后，在缺乏王振这种心腹辅佐的情况下，担心朝臣结党营私，便倚锦衣卫为耳目，主要有门达和逯杲二人。
门达相对宽和，而逯杲办事更加严厉，石亨、石彪叔侄的罪状就是由逯杲查出。
他自遣校尉侦视四方秘事，送门达镇抚司处锻炼成狱。
校尉所至，总兵、镇守、巡抚、巡按、三司和府州县官无不畏恐，虽贵为亲藩也在所不免，不得不大量行贿以图免罪。
天顺四年（1460年），各地官员到京师朝觐，朱祁镇欲借此整饬吏治，逯杲、门达便顺承旨意，对朝觐官员深入访察，于是大半的官员都获罪受处分。
翌年，逯杲死于曹钦之乱，门达得势，效法逯杲，派锦衣卫旗校于各地，于是告讦者日盛，臣民皆谨小慎微。
朱祁镇严察臣下，缉事校尉则是无所不至，以致镇抚司的现有监狱人满为患。
门达遂奏请在城西武邑库隙地增盖狱房。
不过鉴于逯杲得罪武官被杀的教训，门达不纠察武官，而专门针对文官，文官稍微犯事，如被侦知，即遭重惩，连重臣李贤及朱祁镇的恩人袁彬都曾被门达的诬告。
天顺七年（1463年）九月，朝野对锦衣卫作威作福的不满到达极点，门达在自承管束不严之罪，朱祁镇赦免了他。
朱祁镇的祖父明仁宗曾试图还都南京，因此将南京诸衙门定为中央机构，北京诸衙门皆冠以行在二字，寓意北京只是皇帝临时所在的地方，迟早要迁回南京。
不过他还没来得及回到南京就去世了，宣宗却并未改变这种做法。
直到正统六年（1441年）八月十三日，宁波知府郑珞上疏请将北京由行在升为京师，虽然被礼部尚书胡濙以不可轻改太宗（朱棣）所定为由否决。