建文二年（1400年）四月，双方又战于白沟河，李景隆再次战败，燕师乘胜围攻济南。
山东参政铁铉固守济南，以逸待劳，燕师久攻不下，败还。
九月，朝廷升铁铉为山东布政使，改命盛庸代李景隆。
十二月，盛庸率师与燕军会战于东昌，燕师大败，主将张玉战死。
建文三年（1401年），建文帝恢复齐、黄官职。
二月，燕师再度南下。
三月，在滹沱河打败盛庸，再在藁城打败吴杰等。
朱允炆以放逐齐、黄为名，使他们外出募师勤王。
当时，朱棣虽多胜，但损失颇重，而朝廷军源颇广，燕军于河北、山东一带所攻下的城邑，兵回后又为朝廷兵所据。
建文三年（1401年）底，有内臣自京师告密，朱棣得知南京空虚可图，决计改变战略。
建文四年（1402年）正月，朱棣率师南下。
四月，连破何福、平安大军。
五月克泗州、盱眙，兵指扬州。
建文帝遣庆成郡主至燕师，乞割地求和，燕王不许。
建文四年（1402年）六月，江防都督陈瑄以舟师降燕，燕师渡江，下镇江，直逼南京。