诸不在令中者，推此令从事。
朱元璋死前密命驸马梅殷（宁国公主之夫）辅佐新君，遗诏命皇太孙朱允炆继位。
朱元璋驾崩几天后，朱允炆于洪武三十一年闰五月十六日（6月30日）即位，改明年为建文元年，是为建文帝。
朱元璋死后葬于紫金山孝陵。
朱元璋死后，他生前规划的政治局面很快被打破。
建文帝即位后采取削藩政策，北平的燕王朱棣打出“靖难”的旗号，起兵反对建文帝。
建文四年（1402年），燕王朱棣取得胜利，在南京称帝，建文帝下落不明。
明初官僚机构沿袭自元朝。
朱元璋进行了改革，在中央废除中书省，明初中书省负责天下政务，其长官为左、右丞相，位高权重，丞相极易与皇帝发生矛盾，明朝时以胡惟庸任丞相后最甚。
胡惟庸势力逐大，威胁皇权，且日益骄横，懈怠政事。
于是，洪武十三年（1380年），朱元璋以图谋不轨之名处死了胡惟庸和有关的官员，同时宣布废除中书省，不再设丞相。
在地方废除行省制，设立承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司，分别担负行中书省的职责，三者分立又互相牵制，防止了地方权力过重。
在各府县的重要地方，朱元璋还设置了巡检司，负责把关盘查、缉捕盗贼、盘诘奸伪。
朱元璋高度肯定了法律的治国作用。
他说：“夫法度者，朝廷所以治天下也”。
于是在朱元璋即吴王位时（1364年）就提出“建国之初，先正纲纪”，命左相国李善长等草创律令，编律285条，令145条，到吴元年十二月“甲寅，律令成，命颁行之。”这便是最早拟定颁行的《大明律》。