在遗诏中他说：“三十有一年，忧危积心，日勤不怠。”
在军事上，朱元璋废除了管理全国军事的大都督府，将其分为中、左、前、后、右五军都督府，并和兵部互相牵制。
兵部有权颁发命令，但是不直接统率军队，都督府掌管军队的管理和训练，但是没有调遣军队的权力。这样，军权便集于皇帝之手。
朱元璋还确立了卫所制度，这是他模仿北魏隋唐的府兵制、又吸收元朝军制的某些内容而制定的。
明初朱元璋守御山河的方法，是以巩固自然天险为远猷。
对此明人颇为自诩，宣称“我国家驱逐胡元，混一寰宇，东至辽海，西至酒泉，延袤万里。中间渔阳、上谷、云中、朔、代，以至上郡、北地、灵武、皋兰、河西，山川联络，列镇屯兵，带甲四十万，据大险以制诸夷，全盛极矣”。
这一段话中虽全用秦汉旧名，但洪武朝卫所的全貌勾画得还是比较清楚。
洪武年间，朱元璋置亦集乃旧城、镇番卫、宁夏卫、者者口守御千户所、东胜卫、开平卫、大宁都司、安东卫、吉林船厂。
明军巡逻着“北去不拘几千里”的辽阔疆域。
朱元璋效仿元朝“朔方铁骑纷如蚁”、“西北广莫无一城，控弦百万长横行”的盛况，欲利用漠南养出肥美的牛羊及战马。
为此朱元璋推动北部卫所游牧化，漠南民众除了粮产区不许放牧外，漠南荒闲平地及山场，“听其牧放樵采”。
诸王敢有说是“自己草场山场者，其论非轻”，并叮嘱诸王要长远的牧养，要求军户有自己的牧群。
朱标死后，朱元璋以塞王代替国公。
十三塞王中佼佼者是被誉为“燕王善战，宁王善谋”的燕、宁二王。
朱棣出师即降故元太尉乃儿不花等人，被誉为“肃清沙漠者，燕王也，朕无北顾之忧矣。”
朱权“数会边镇诸侯，出师捕虏，肃清沙漠，威震北荒”，被誉为“一世之雄也。”